1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
札幌病毒（sapovirus, SaV）属杯状病毒科，札幌病毒属，能够引起人类及多种动物的急性胃肠炎。SaV基因组为单股正链RNA，长度约为7.1-7.7kb，其包含两个开放阅读框（open reading frame, ORF），ORF1与ORF2。ORF1编码多聚蛋白，该多聚蛋白由多个非结构蛋白及病毒衣壳蛋白VP1组成，ORF2被预测编码一小结构蛋白VP2 [1,2]。由于VP1基因为SaV基因组中最高变的区域，且其往往与病毒的一些表型相关，因此该基因被广泛应用于SaV的基因分型 [1]。基于全长VP1基因，SaV被分为GI到GV 5个基因型，近年来亦有发现GVI到GXIV 9个新基因型，其中在猪群中流行最为广泛的基因型为GIII [3-6]。
猪札幌病毒（porcine sapovirus, PSaV），1979年由美国研究者通过电镜，在27日龄腹泻保育仔猪肠内容物内首次发现，起初命名为猪肠道杯状病毒，后通过进一步研究，于1999年将其归入札幌病毒属 [7,8]。PSaV的实验性感染证实，其能导致接种后的限菌猪腹泻 [9,10]，部分针对PSaV的流行病学调查也提示其在猪群腹泻中扮演一定的角色 [11,12]，然而也有研究表明，PSaV在腹泻猪与无症状猪之间的检出率并无显著差异 [13,14]，提示PSaV的致病性仍有待进一步明确。目前已在世界各地的猪群中检测发现PSaV，包括美国、巴西、韩国、日本、西班牙、丹麦等国家 [5,15-18]。PSaV在我国亦有广泛分布，上海、江苏、安徽、广东、湖南、新疆、贵州等地区均有报道，其RT-PCR检测阳性率在0.9%-14.37%不等 [12,19-23]。
目前针对SaV的检测方法，主要包括电镜、ELISA、RT-PCR等，前两者由于检测灵敏度较低，实际应用往往较少，而RT-PCR，尤其是qRT-PCR，由于其特异性相对较强，灵敏度相对较高，渐渐成为SaV检测的常规方法[1]。目前针对PSaV尚无灵敏度高、特异性强的常规RT-PCR检测方法，本课题希望针对PSaV在猪群中最流行的基因型GIII，建立RT-PCR检测方法，并应用该方法对猪群粪便样本进行检测，以调查我国猪群中PSaV GIII型的流行情况，同时基于VP1基因对PSaV GIII型进行系统发育分析，以期了解PSaV GIII型在我国猪群中的遗传多样性，为PSaV的疾病诊断、疫情预警及致病性研究提供参考依据。
2. 研究的基本内容和问题
1 研究目标
构建PSaV GIII型RT-PCR检测方法，并以该方法调查我国猪群中PSaV GIII型的流行情况，同时针对PSaV阳性样本特定基因进行系统发育分析，以期了解PSaV GIII型在我国猪群中的遗传多样性，为PSaV的疾病诊断、疫情预警及致病性研究提供参考依据。
2 研究内容
3. 研究的方法与方案
1 研究方法
1.1 引物设计与合成
下载GenBank目前已上传的所有PSaV GIII型全基因组序列（截止2018年12月20日），通过MAFFT（版本7.312）对其进行多重序列比对，随后利用Oligo（版本7.0）对PSaVGIII型基因保守区段设计特异性检测引物，同时于VP1基因两端保守区段设计特异性扩增引物。上述引物均交由南京金斯瑞生物科技有限公司合成。
4. 研究创新点
利用构建的PSaV GIII型RT-PCR检测方法，对来自我国各地区的猪粪便样本进行检测，全面调查了我国猪群PSaV GIII型的流行情况，同时针对PSaV GIII型阳性样本的特定基因，利用特色生物信息学分析技术，进行系统发育分析，有助于了解PSaV GIII型在我国猪群中的遗传多样性，为PSaV的疾病诊断、疫情预警及致病性研究提供参考依据。
5. 研究计划与进展
2018.09-2018.10 PSaV GIII型的RT-PCR检测方法构建
2018.10-2019.12 猪粪便样本处理，利用构建的检测方法调查粪便样本中PSaV GIII型的感染情况
以上是毕业论文开题报告，课题毕业论文、任务书、外文翻译、程序设计、图纸设计等资料可联系客服协助查找。
