1. 研究目的与意义
研究背景:睾丸细胞生殖瘤是男性最常见的恶性肿瘤之一,其治疗手段是手术切除、化疗和放疗,然而这些传统方法对于晚期、复发的患者效果有限。近年来,人们逐渐意识到免疫治疗在恶性肿瘤直接到潜力,针对睾丸细胞生殖瘤的免疫治疗也取得了一定的进展。
研究目的:CSN7复合物是一种免疫调节因子,其在肿瘤细胞中的表达水平与肿瘤的侵袭性和预后密切相关,一些研究表明,CSN7可以促进免疫细胞的活化,增强免疫应答,从而在肿瘤治疗中体现出一定的抗肿瘤作用。针对睾丸细胞生殖瘤,有研究表明通过扩张肿瘤特异性T细胞,增强这些细胞对肿瘤的识别和攻击能力,而CSN7则可以影响T细胞的活化和凋亡等过程,从而对免疫治疗效果产生影响,此外,一些研究还发现CSN7可能与肿瘤的化学抵抗性有关。化学药物可以刺激肿瘤细胞向免疫系统释放抗原,从而使免疫系统对肿瘤产生反应,而CSN7则可以调节这一过程,从而对化疗的效果产生影响。
研究意义:通过探究CSN7A和CSN7B复合物对睾丸癌发生发展的作用机制,方便之后对于这方面的研究,促进CSN靶向药物的研究及开发。
2. 研究内容和预期目标
1.通过生物信息学分析公共数据库,明确CSN复合物的不同亚型在不同癌种中的表达情况,明确CSN不同复合物在不同癌种中的表达差异,筛选出有明显差异的癌种进一步明确其作用机制。
2.通过生物信息学分析,明确CSN复合物的不同亚型在肿瘤不同时期,不同性别,不同人种以及不同年龄中的差别,确定CSN复合物的不同亚型在睾丸生殖细胞瘤中的功能。
3.通过免疫组化分析,明确CSN复合物的不同亚型在睾丸生殖细胞瘤的癌组织和癌旁组织中的表达水平。
3. 研究的方法与步骤
1、GEPIA数据库
GEPIA官方网站:http://gepia.cancer-pku.cnindex.html。该网站由北大张泽民教授团队开发。从架构上来讲,,GEPIA用MySQL创建数据库, 主题分析流程由R和PerL完成,用php实现网页式交互展示。GEPIA提供了关键的交互式分析,包括肿瘤/正常差异表达谱分析、剖面绘制、根据肿瘤类型或病理分期进行分析、患者生存分析、相似基因检测、相关性分析和降维分析等分析模块,,同时还提供快速定制功能。基因表达通常由人体图和柱图点图来表示,人体基因表达图即在人体中肿瘤和正常样本的中位表达图;点图和柱图即所有肿瘤样本和配对正常组织的基因表达谱(点图:每个点代表样本的表达式;柱图:柱的高度代表某一肿瘤类型或正常组织的中位表达)。基因表达谱GEPIA生成多个癌症类型和成对的正常样本的基因表达谱点图,每个点代表一个不同的肿瘤或正常样本。
2、UALCAN数据库
4. 参考文献
[1]. Dubiel, D., Ordemann,J., Pratschke, J., Dubiel, W., and Naumann, M. (2015a). CAND1 exchange factorpromotes Keap1 integration into cullin 3-RING ubiquitin ligase duringadipogenesis. Int. J. Biochem. Cell Biol. 66, 95–100.
[2]. Dubiel, D., Rockel, B.,Naumann, M., and Dubiel, W. (2015b). Diversity of COP9 signalosome structuresand functional consequences. FEBS Lett. 589, 2507–2513.
[3]. Dubiel, W., Dubiel, D.,Wolf, D.A., and Naumann, M. (2018). Cullin 3-Based Ubiquitin Ligases as MasterRegulators of Mammalian Cell Differentiation.Trends Biochem. Sci. 43, 95–107.
5. 计划与进度安排
1、寒假:根据和导师讨论确定的论文题目,阅读相关文献了解课题并完成绪论的大纲。
2、第2周(2024年2月27日--2024年3月3日):充分调研文献,制定实验实施计划
3、第3周-第5周(2024年3月6日--2024年3月26日):根据任务内容实施试验,包括从GEPIA、UALCAN、人类蛋白质图谱、TIMER、KMPLOT数据库获取实验所需数据并进行分析。
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