1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
1意义 哺乳动物卵泡发育和排卵是一个非常复杂的过程,是由体内多种细胞因子、受体共同调控作用的结果,其中TGFβ/Smad信号通路在这个过程中发挥重要作用[1]。
在TGFβ/Smad信号通路中,TGFβ信号转导依赖于TGFβ受体TGFBR1和TGFBR2的共同存在。
TGFBR1(Transforming growth factor β receptor type 1)作为信号通路中的一个跨膜蛋白,对信号跨膜传导极为重要,并通过其上游基因TGFBR2的激活发挥作用,特异性识别并磷酸化Smad蛋白,完成信号传递过程。
2. 研究的基本内容和问题
1研究目标 根据国内外最新研究发现,TGFBR1基因对家畜卵泡发育和排卵等繁殖性能影响重大,为了深入了解TGFBR1基因与家畜繁殖性能的关系,本试验拟以二花脸猪为研究对象,克隆测序二花脸猪TGFBR1基因编码区序列,分析二花脸猪TGFBR1序列信息,探索二花脸猪与其它哺乳动物种间的进化和系统发育关系。
2研究内容 (1)二花脸猪TGFBR1基因编码区克隆与测序 采用RT-PCR方法,克隆二花脸猪TGFBR1基因编码区序列,送公司测序,为之后序列拼接、分析做准备。
(2)二花脸猪TGFBR1基因编码区分析 采用生物信息学软件对二花脸猪TGFBR1基因编码区序列进行拼接、结构分析、编码蛋白的氨基酸序列预测和蛋白的性质分析。
3. 研究的方法与方案
1研究方法 本试验主要采用RT-PCR进行二花脸猪TGFBR1基因编码区序列克隆测序,采用Blast比对、电子染色体定位、BioEdit 7.0软件、ExPASy在线软件、ProtScale和BioEdit软件、基于SignalP4.1Server软件的人工神经网络算法、TargetP 1.1 Server、Smart网站、 CPHmodels在线工具中的神经网络同源建模法、MAGA v5.2软件、DNASP v5.10软件等生物信息学方法和软件进行二花脸猪TGFBR1基因编码区序列分析及其与其他哺乳动物种间的进化和系统发育关系的分析。
2技术路线 见附件 3实验方案 (1)二花脸猪TGFBR1基因编码区克隆与测序 提取屠宰二花脸猪卵巢组织总RNA,反转录总RNA,根据二花脸猪TGFBR1基因序列(NM_001038639.1),设计引物,进行RT-PCR反应,pcr产物经凝胶电泳分离纯化,连接到pMD19-T Vector,转化DH5α感受态细胞,取阳性克隆,送公司测序。
(2)二花脸猪TGFBR1基因编码区序列分析 采用生物信息学软件对二花脸猪TGFBR1基因编码区序列进行拼接、结构分析、编码蛋白的氨基酸序列预测和蛋白的性质分析。
4. 研究创新点
目前对二花脸猪TGFBR1基因的研究较少,将其与哺乳动物繁殖性能的联系起来的研究更少,本课题为家畜繁殖育种方面的研究提供了一些新的思路和方向。
5. 研究计划与进展
2013.8 查阅本课题相关文献资料,为实验做好准备 2013.9-2013.10 二花脸猪TGFBR1基因编码区克隆与测序 2013.11-2014.1 二花脸猪TGFBR1基因编码区序列分析 2014.2-2014-3二花脸猪TGFBR1基因进化和系统发育分析 2014.4 完成论文写作2014.5 论文答辩
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