猪GPC4基因SNP检测及其与肉质性状关联分析开题报告

 2023-02-14 09:43:46

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

猪是我国主要的肉用家畜。过去由于我们在育种上过分强调猪的瘦肉率,大量引进外来瘦肉型品种猪,造成猪体脂率低的同时肌内脂肪也相应减少。而肌内脂肪是肉类风味物质的重要来源,在很大程度上影响了肉的嫩度与风味,是决定肉品质的重要因素之一[1]。现在随着人们生活水平的提高,人们对于肉品质的要求越来越高,所以在保持家畜肌肉较快生长的同时,相应提高肌内脂肪含量成为目前家畜育种改良的目标。

Glypican-4基因定位于X染色体。Glypican基因家族成员所编码的是一种硫酸乙酰肝素蛋白聚糖,共有6种蛋白亚型,该蛋白家族位于细胞膜表面,由一定可变的硫酸乙酰肝素链替代的膜相关核心蛋白组成,它们均包含一个核心蛋白锚定到细胞质膜联动的糖基磷脂酰肌醇。目前GPC4是该家族中唯一一个与脂肪细胞增殖与分化相关的基因,并且GPC4作为一种新型的脂肪因子,与体重指数(Body Mass Index,BMI)和腰臀比(Waist Hip Ratio,WHR)等肥胖相关指标密切相关。同时GPC4可以作为胰岛素受体的共激活剂来促进胰岛素通路作用,促进下游PPARγ的磷酸化,进而促进前体脂肪细胞的分化和葡萄糖的摄取[2]。另有研究表明,GPC4在大鼠及人类的腹部脂肪组织及皮下脂肪组织中差异性表达,并在肥胖者体内受到高度调控。大鼠白色脂肪组织中可以分泌GPC4,并且分泌的GPC4能够增强脂肪对胰岛素的敏感性[3]

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)主要是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性。SNPs在生物体广泛存在,根据它们在基因组分布的位置可分为基因编码区SNP (cSNPs)、基因间SNP (iSNPs)和基因周边SNP (pSNPs)等三类。SNP具有以下特点:1、遗传稳定性高,相比串联重复微卫星等多态性标记,SNP是基于单核苷酸的突变,突变频率较低,遗传稳定性相对较高;2、位点丰富且分布广泛;3、富有代表性,部分位于基因内部编码区的SNPs可能导致蛋白质功能的改变,这种改变可能是生物体发生变异或者病变的直接原因,因此有可能为个体性状遗传机理研究提供一定的参考依据。4、检测快速,易实现自动化分析,SNP基于自身的双等位标记这一特点,在检测样品时无需像检测RFLP、SSR标记那样测量片段的长度,而是通过测序直接进行序列比对来发现差异。因此SNP在家畜育种上有较大优势[4]

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:

GPC4是Glypican家族中唯一一个已经证实与脂肪沉积相关的基因。本实验通过研究猪GPC4上游启动子区域SNP位点与猪脂肪沉积的相关性来探讨猪GPC4基因对猪脂肪沉积的影响,利用对SNP的检测为猪育种工作提供相应指导。

研究内容:

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3. 研究的方法与方案

研究方法:

主要实验方法包括:DNA的提取,PCR,AS-PCR分型

技术路线:

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4. 研究创新点

相较于传统选种方式,直接检测猪GPC4基因上游启动子区域SNP位点,通过相关性分析来探讨相应SNP位点与猪脂肪沉积的关系,为猪的育种工作提供可靠的科学依据。

5. 研究计划与进展

2017年3月:组织取样并提取DNA

2017年4月:设计引物并进行PCR扩增

2017年5月:统计不同个体的基因型并利用SPSS软件进行相关性分析,最后完成论文写作

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