1. 研究目的与意义（文献综述包含参考文献）
文 献 综 述1.1研究背景随着各种基因组计划的实现,生物信息学迅猛发展,产生了大量的生物学数据。
序列数量几乎每 2.5 年翻一番，暗物质，即没有精确和验证功能可用的序列，正在爆炸式增长；然而，暗物质提供了生物学的巨大资源，因为它包含未被发现的新酶和代谢途径。
目前，人们正面临着从基因组大数据中挖掘各种生物资源的新任务，如筛查特定功能的酶、挖掘合成新天然产物的基因簇等。
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2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案
2.1 研究或要解决的问题1、在庞大的、种类繁多的萜类合酶体系中，如何对我们所要研究的新型、典型萜类合酶和萜类合酶突变体进行计算研究？2、在使用计算化学软件CP2K的量子力学/分子力学（QMMM）计算模块和第一性原理动力学模拟模块计算后，如何对所生成的结果进行分析？计算结果有何用途和意义？2.2 拟采用的研究手段2.2.1生物体系的QM/MM模拟1.AMBER程序AMBER代表辅助的模型构建和能量精化(Assisted Model Building and Energy Refinement), 它不仅指代分子动力学程序, 也指代一组力场, 描述了生物分子相互作用的势能函数和参数。
为了在Amber中运行分子动力学模拟, 每个分子的相互作用都由分子力场描述。
力场为每个分子定义了特定的参数。
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