基于Shape筛选和对接发现HIF-1α/pVHL相互作用的抑制剂开题报告

 2023-01-03 15:22:13

1. 研究目的与意义

低氧诱导因子-1(hypoxia-inducible factor-1,HIF-1)1992年由Semenza等在缺氧诱导Hep3B细胞核提取物中发现的一种氧依赖转录激活因子,是低氧适应和病理反应中的一个特异的中介因子。

HIF-1通过与缺氧反应应答元件(HRE)结合,促进下游靶基因转录,使机体产生一系列低氧适应反应,具有相当广泛的靶基因谱,其中包括与缺氧适应、炎症发展及肿瘤生长等相关的近100种靶基因。

VHL基因得名于VHL病,是一个抑癌基因,位于染色体3 P25区 ,该基因的失活会导致正常的VHL蛋白合成障碍。

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2. 文献综述

HIF-1α/pVHL蛋白-蛋白相互作用的研究进展邓田田南京中医药大学药学院13制药工程摘要:HIF-1α是缺氧条件下广泛存在于哺乳动物和人体内的一种转录因子,VHL基因是一个抑癌基因,该基因异常会导致HIF降解减少,与缺氧反应基因启动子区的缺氧反应元件结合,促进细胞增殖、新生血管形成和凋亡等相关的低氧反应基因来促进氧运输和低氧适应。

HIF-1α/VHL蛋白-蛋白相互作用的研究,对减轻脑损伤、促进骨正常发育、及肿瘤相关疾病等方面具有深远的意义。

关键词:HIF-1α;VHL;缺氧1 、HIF-1α与VHL的概况 低氧诱导因子-1(HIF-1)是细胞在低氧条件下产生的蛋白性调节因子,它与靶基因结合促进其转录,使机体产生一系列低氧适应反应。

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3. 设计方案和技术路线

研究方案:HIF-1α/pVHL热点区的作用特征有三个,分别是氢键作用、疏水作用以及电性作用,本课题采用了一种基于结构建模、虚拟筛选和级联对接的方法运用计算机模拟建立了新型的基于pVHL3D结构的药效团模型对天然产物库进行了筛选以及验证,最终发现具有新骨架的化合物,然后通过荧光偏振结合测定进一步明确最佳化合物。

4. 工作计划

2022.2~2022.3 :文献查阅及整理,阅读相关资料,做好实验前期准备工作2022.3 ~2022.4 :基于软件建立筛选平台2022.4 ~2022.5 :验证,并完成论文

5. 难点与创新点

本项目旨在解决传统靶标药物开发过程中面临的药物亲和力、选择性等瓶颈,我们的策略结合基于药效团模型与级联对接,以蛋白-蛋白相互作用过程为切入点,立足于蛋白-蛋白相互作用动态过程中的结合特征,借助化学信息学及生物信息学的技术手段,筛选鉴定具有新骨架的化合物从中发现可以进一步优化的化合物。

这种研究新思路从根本上克服了已有的蛋白-蛋白相互作用调控剂发现方法中的不足,是一种高效率、低成本、可靠度高、适用性广的蛋白-蛋白相互作用调控剂开发的研究体系。

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