1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
一、课题的意义水稻、小麦、玉米是世界上主要的粮食作物,其产量直接关系到全球的粮食产量。
而miRNA对这些粮食作物的生长发育有着重要的调节作用,为提高粮食产量提供了新的线索和思路。
而拟南芥作为模式植物,对其研究非常充分,因而对其他作物的研究有一定的参考价值。
2. 研究的基本内容和问题
一、 研究目标探究水稻、大豆、玉米、拟南芥中生殖器官的特异性miRNA和保守性miRNA,以及构建特异miRNA调控网络以及保守miRNA调控网络,并且解释特异性miRNA的特异功能和保守miRNA的保守功能。
二、 研究内容通过本实验室开发网站http://202.195.246.60/DPMIND/help.php,下载水稻、大豆、玉米和拟南芥生殖器官的miRNA,然后对得到的四种植物的mirRNA做交集和差集,得出四种植物的保守miRNA以及特异miRNA,并且得到其靶基因。
利用软件Cytoscape对所得的保所miRNA以及特异miRNA进行分析,构建出特异miRNA调控网络以及保守miRNA调控网络。
3. 研究的方法与方案
一、 研究方法在本实验室开发的网站http://202.195.246.60/DPMIND/help.php中下载水稻、大豆、玉米和拟南芥生殖器官的miRNA,然后对得到的四种植物的miRNA做交集和差集,得出四种植物的保守miRNA以及特异miRNA,并且得到其靶基因。
利用软件Cytoscape对所得的保所miRNA以及特异miRNA进行分析,构建出特异miRNA调控网络以及保守miRNA调控网络。
然后通过查找文献,解释特异性miRNA的特异功能和保守miRNA的保守功能。
4. 研究创新点
在高通量测序技术出现之前,通过常规实验方法鉴定不仅困难而且效率很低,因此很难从基因组水平上阐释miRNA组的组成及其生物学功能。
随着高通量测序技术的出现和不断发展,测序深度不断提高并且测序成本越来越低,高通量测序正在成为日益普及的研宄基因组和转录组的有力工具。
借助于高通量测序技术,既可以鉴定己知的miRNA,也可以从全基因组水平上预测新的miRNA。
5. 研究计划与进展
2017年8月 查找文献、熟悉实验室开发网站、下载数据2018年1月 处理数据、学习软件使用并开始构建调控网络2018年3月 完成所用调控网络的构建以及查找文献,开始撰写论文2018年4月 完成论文
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